จังหวัดสตูล ในยุครัตนโกสินทร์ตอนต้น เป็นเพียงตำบลหนึ่งในเขตเมืองไทรบุรี เรียกว่า มูเก็มสะตุล (مقيم ستول) ประวัติความเป็นมาของเมืองสตูลจึงเกี่ยวข้องกับไทรบุรี ดังปรากฏในพระราชพงศาวดารกรุงรัตนโกสินทร์รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยว่า "ตามเนื้อความที่ปรากฏดังกล่าวมาแล้ว ทำให้เห็นว่าในเวลานั้น พวกเมืองไทรเห็นจะแยกกันเป็นสองพวกคือ พวกเจ้าพระยาไทรปะแงรันพวกหนึ่ง และพระยาอภัยนุราชคงจะนบน้อมฝากตัวกับเมืองนครศรีธรรมราช โดยเฉพาะเมื่อพระยาอภัยนุราชได้มาเป็นผู้ว่าราชการเมืองสตูล ซึ่งเขตแดนติดต่อกับนครศรีธรรมราชมากกว่าเมืองไทร แต่พระยาอภัยนุราชว่าราชการเมืองสตูลได้สองปีก็ถึงแก่อนิจกรรม ผู้ใดจะได้ว่าราชการเมืองสตูลต่อมาในชั้นนั้นหาพบจดหมายเหตุไม่ แต่พิเคราะห์ความตามเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นภายหลัง เข้าใจว่าเชื้อพระวงศ์ของพระอภัยนุราช (ปัศนู) คงจะได้ว่าราชการเมืองสตูล และฟังบังคับบัญชาสนิทสนมกับเมืองนครศรีธรรมราชอย่างครั้งพระยาอภัยนุราชหรือยิ่งกว่านั้น"
พื้นที่ทางด้านทิศเหนือ และทิศตะวันออก เป็นเนินเขาและภูเขาสลับซับซ้อน โดยมีทิวเขาที่สำคัญแบ่งเขตประเทศไทยกับประเทศมาเลเซีย คือ ทิวเขาบรรทัดและทิวเขาสันกาลาคีรี พื้นที่ของจังหวัดค่อย ๆ ลาดเอียงลงสู่ทะเลด้านทิศตะวันตกและทิศใต้ โดยยังมีภูเขาน้อยใหญ่อยู่กระจัดกระจายในตอนล่าง ภูเขาที่สำคัญ ได้แก่ เขาจีน เขาบารัง เขาใหญ่ เขาทะนาน และเขาพญาวัง และมีที่ราบแคบ ๆ ขนานไปกับชายฝั่งทะเล ถัดจากที่ราบลงไปเป็นพื้นที่ป่าชายเลนน้ำเค็มขึ้นถึง อุดมไปด้วยป่าแสมและป่าโกงกาง สตูลเป็นจังหวัดที่ไม่มีแม่น้ำไหลผ่าน คงมีเพียงลำน้ำสั้น ๆ ต้นน้ำเกิดจากภูเขาทางทิศเหนือและทิศตะวันออกของจังหวัด